Het laboratorium voor moleculaire diagnostiek van het Jessa Ziekenhuis in Hasselt maakt gebruik van LabTrain Interface mPCR voor de administratie, validatie, en rapportage van haar PCR testuitslagen.
Het laboratorium voert de analyses uit voor de disciplines medische microbiologie, oncologie en hematologie. Het laboratorium voor moleculaire diagnostiek van het Jessa Ziekenhuis is vooraanstaand op het gebied van de detectie van genafwijkingen in onder andere hematologische neoplasieën. DNA en RNA diagnostiek vindt plaats voor zo’n 25 genafwijkingen die bijdragen aan de diagnose, prognose en het bepalen van risicofactoren voor hematologische neoplasieën zoals leukemie en lymfoom, risico op trombose en auto-immuunziekten. Met behulp van allel specifieke qPCR kan voor diverse hematologische genafwijkingen homo- of heterozygotie puntmutatie worden vastgesteld. Ook smeltcurve analyse met SYBR green wordt gebruikt. Naast kwalitatieve testen worden ook kwantitatieve qPCRs uitgevoerd waarbij de testen in duplo worden ingezet en ook in duplo worden gerapporteerd in GLIMS. Resultaten van de RotorGene Q worden eerst beoordeeld in de RotorGene Q software zelf en nadien gevalideerd met behulp van LabTrain mPCR, waarbij zowel de meetwaarden als de curves van patiëntenmonsters en controles inzichtelijk zijn.
LabTrain Interface mPCR verzorgt de totale workflow van extractie setup tot en met PCR analyse en validatie voor ca. 25 PCR testen (ca. 150 – 200 PCR reacties per week). Daarnaast verzorgt LabTrain de extractie en/of assay setup workflow voor een tiental testen voor onder andere downstream applicaties zoals fragmentanalyse, sequencing en NGS. Het moleculaire laboratorium heeft de beschikking over een QIASymphony SP NA extractor, en een QIASymphony SPAS, waarmee naast de DNA of RNA extractie tevens de assay setup van de PCR reacties kan worden uitgevoerd. Voor de real-time PCR analyses wordt er gebruik gemaakt van 2 RotorGene Q PCR analysers. Deze resultaten worden na controle in de software van het instrument doorgestuurd via LabTrain naar hun LIS systeem: GLIMS.
LabTrain faciliteert het gebruik van diverse workflows met de genoemde instrumenten:
• GLIMS – QIASymphony SP – QIASymphony SPAS – Rotor-Gene Q – GLIMS
• GLIMS – QIASymphony SPAS – RotorGene Q – GLIMS
• GLIMS – QIASymphony SP – Handmatige Assay Setup – Rotor-Gene Q – GLIMS
• GLIMS – QIASymphoy SPAS (maken van werklijst voor de extractie en/of assay setup op de QIASymphonySPAS1)
1) Voor sommige testen verzorgt LabTrain het hele proces van extractie via assay setup naar rapportage in GLIMS. Voor andere testen ondersteunt LabTrain enkel de extractie en de assay setup en voor sommige testen enkel de extractie. Het gaat dan vooral om downstream applicaties zoals sequentie analyses of PCR die visueel moeten beoordeeld worden.
Bij het Jessa ziekenhuis zijn de volgende LabTrain mPCR functionaliteiten tijdens het project gerealiseerd.
• meerdere positieve controles binnen 1 test
• assay setup op QIASymphony AS gedeelte in meerdere ringen vanuit 1 assay setup bestand
• weergave van andere analyseparameter (“smeltcurves” ipv Cq-waarde).
• mogelijkheid om aanvragen die al in LabTrain staan te cancelen vanuit GLIMS
• ondersteuning PCR testen in duplo
De analisten van het Laboratorium voor moleculaire diagnostiek geven de volgende voordelen aan:
• Tijdsbesparing en hogere efficiëntie voornamelijk bij de volgende processen: matchen van PCR testen aan stalen, het linken van de protocollen aan stalen op de QIASymphony, het doorsturen van staalnummers naar de PCR analysers en het automatisch doorsturen van resultaten naar het LIS systeem
• Foutreductie: geen risico op staalverwisseling of foutieve PCR voor staal, geen gemiste PCR testen
In de nabije toekomst zullen meer en meer microbiologische PCR testen in productie worden genomen.